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- 玉川上水【史跡】羽村市・福生市・昭島市・立川市・小平市・小金井市・西東京市・武蔵野市・三鷹市・杉並区・世田谷区・渋谷区
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- 幸神神社のシダレアカシデ【天然記念物】日の出町
- 江戸城外堀跡【史跡】千代田区・新宿区・港区
- 江戸城跡【特別史跡】千代田区
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- 高ヶ坂石器時代遺跡【史跡】町田市
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- 高輪大木戸跡【史跡】港区
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- 細井広沢墓【史跡】世田谷区
- 三宝寺池沼沢植物群落【天然記念物】練馬区
- 山鹿素行墓【史跡】新宿区
- 志村一里塚【史跡】板橋区
- 小笠原南島の沈水カルスト地形【天然記念物】小笠原村
- 小金井（サクラ）【名勝】小金井市、小平市、武蔵野市、西東京市
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- 小石川植物園（御薬園跡及び養生所跡）【史跡、名勝】文京区
- 小仏関跡【史跡】八王子市
- 松平定信墓【史跡】江東区
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- 深大寺城跡【史跡】調布市
- 西ヶ原一里塚【史跡】北区
- 西秋留石器時代住居跡【史跡】あきる野市
- 青木昆陽墓【史跡】目黒区
- 浅野長矩墓および赤穂義士墓【史跡】港区
- 船田石器時代遺跡【史跡】八王子市
- 善福寺のイチョウ【天然記念物】港区
- 善養寺影向のマツ【天然記念物】江戸川区
- 大森貝塚【史跡】大田区、品川区
- 大塚先儒墓所【史跡】文京区
- 大島のサクラ株【特別天然記念物】大島町
- 大島海浜植物群落【天然記念物】大島町
- 滝山城跡【史跡】八王子市
- 沢庵墓【史跡】品川区
- 中里貝塚【史跡】北区
- 鳥島【天然記念物】鳥島
- 伝法院庭園【名勝】台東区
- 殿ヶ谷戸庭園（随冝園）【名勝】国分寺市
- 東禅寺【史跡】港区
- 湯島聖堂【史跡】文京区
- 南硫黄島【天然記念物】小笠原村
- 馬場大門のケヤキ並木【天然記念物】府中市
- 八王子城跡【史跡】八王子市
- 品川台場【史跡】港区
- 武蔵国府跡【史跡】府中市
- 武蔵国分寺跡 附東山道武蔵路跡【史跡】国分寺市、府中市
- 武蔵府中熊野神社古墳【史跡】府中市
- 平賀源内墓【史跡】台東区
- 弥生二丁目遺跡【史跡】文京区
- 林氏墓地【史跡】新宿区
- 練馬白山神社の大ケヤキ【天然記念物】練馬区
- 六義園【特別名勝】文京区
- 椚田遺跡【史跡】八王子市
（2017年12月時点 文化庁：国指定文化財等データベースでの確認 http://kunishitei.bunka.go.jp/bsys/index_pc.html）
全国の国指定史跡名勝天然記念物。
