- 芦浦観音寺跡【史跡】草津市
- 安土城跡【特別史跡】蒲生郡安土町、東近江市
- 伊吹山頂草原植物群落【天然記念物】米原市
- 伊勢遺跡【史跡】守山市
- 衣川廃寺跡【史跡】大津市
- 円満院庭園【名勝】大津市
- 延暦寺坂本里坊庭園 雙厳院庭園 宝積院庭園 滋賀院門跡庭園 佛乗院庭園 旧白毫院庭園 旧竹林院庭園 蓮華院庭園 律院庭園 実蔵坊庭園 寿量院庭園【名勝】大津市
- 下之郷遺跡【史跡】守山市
- 鎌掛の屏風岩【天然記念物】蒲生郡日野町
- 鎌掛谷ホンシャクナゲ群落【天然記念物】蒲生郡日野町
- 鎌刃城跡【史跡】米原市
- 観音寺城跡【史跡】蒲生郡安土町、東近江市
- 義仲寺境内【史跡】大津市
- 朽木池の沢庭園【名勝】
- 旧秀隣寺庭園【名勝】高島市
- 旧彦根藩松原下屋敷（お浜御殿）庭園【名勝】彦根市
- 旧和中散本舗【史跡】栗東市
- 居初氏庭園【名勝】大津市
- 京極氏遺跡、京極氏城館跡、弥高寺跡【史跡】坂田郡伊吹町
- 近江国府跡、国庁跡、惣山遺跡、青江遺跡、中路遺跡【史跡】大津市
- 近江大津宮錦織遺跡【史跡】大津市
- 金剛輪寺明壽院庭園【名勝】愛知郡愛荘町
- 熊野のヒダリマキガヤ【天然記念物】蒲生郡日野町
- 慶雲館庭園【名勝】長浜市
- 穴太廃寺跡【史跡】大津市
- 玄宮楽々園【名勝】彦根市
- 古保利古墳群【史跡】伊香郡高月町
- 胡宮神社社務所庭園【名勝】犬上郡多賀町
- 光浄院庭園【名勝】大津市
- 甲賀郡中惣遺跡群【史跡】甲賀市
- 皇子山古墳【史跡】大津市
- 荒神山古墳【史跡】彦根市
- 狛坂磨崖仏【史跡】栗東市
- 紫香楽宮跡【史跡】甲賀市
- 春日山古墳群【史跡】大津市
- 小谷城跡【史跡】東浅井郡湖北町、長浜市
- 浄信寺庭園【名勝】伊香郡木之本町
- 垂水斎王頓宮跡【史跡】甲賀市
- 崇福寺跡【史跡】大津市
- 瀬田丘陵生産遺跡群【史跡】草津市、大津市、瀬田南大萱町
- 清水山城館跡【史跡】高島郡新旭町
- 清滝寺京極家墓所【史跡】米原市
- 西明寺本坊庭園【名勝】犬上郡甲良町
- 醒井峡谷【名勝】米原市
- 青岸寺庭園【名勝】米原市
- 石山寺硅灰石【天然記念物】大津市
- 雪野山古墳【史跡】近江八幡市・東近江市・蒲生郡竜王町
- 善法院庭園【名勝】大津市
- 草津宿本陣【史跡】草津市
- 息長ゲンジボタル発生地【天然記念物】米原市
- 多賀神社奥書院庭園【名勝】犬上郡多賀町
- 大角氏庭園【名勝】栗東市
- 大岩山古墳群【史跡】野洲市
- 大中の湖南遺跡【史跡】蒲生郡安土町
- 大通寺含山軒および蘭亭庭園【名勝】長浜市
- 竹生島【名勝】長浜市
- 茶臼山古墳・小茶臼山古墳【史跡】大津市
- 長岡のゲンジボタルおよびその発生地【特別天然記念物】米原市
- 藤樹書院跡【史跡】高島市
- 堂ノ上遺跡【史跡】大津市
- 南花沢のハナノキ【天然記念物】東近江市
- 南滋賀町廃寺跡【史跡】大津市
- 日吉神社境内【史跡】大津市
- 廃少菩提寺石多宝塔および石仏【史跡】湖南市
- 彦根城跡【特別史跡】彦根市
- 百済寺境内【史跡】東近江市
- 瓢箪山古墳【史跡】蒲生郡安土町
- 敏満寺石仏谷墓跡【史跡】犬上郡多賀町
- 福田寺庭園【名勝】米原市
- 兵主神社庭園【名勝】野洲市
- 平松のウツクシマツ自生地【天然記念物】湖南市
- 別所高師小僧【天然記念物】蒲生郡日野町
- 北花沢のハナノキ【天然記念物】東近江市
- 北近江城館跡群、下坂氏館跡、三田村氏館跡【史跡】長浜市
- 北畠具行墓【史跡】米原市
- 綿向山麓の接触変質地帯【天然記念物】蒲生郡日野町
- 了徳寺のオハツキイチョウ【天然記念物】米原市
- 老蘇森【史跡】蒲生郡安土町
（2017年12月時点 文化庁：国指定文化財等データベースでの確認 http://kunishitei.bunka.go.jp/bsys/index_pc.html）
全国の国指定史跡名勝天然記念物。
