- オオサンショウウオ生息地【天然記念物】宇佐市
- ガランドヤ古墳【史跡】日田市
- 安国寺集落遺跡【史跡】国東市
- 宇佐神宮境内【史跡】宇佐市
- 宇佐神宮社叢【天然記念物】宇佐市
- 臼杵磨崖仏（附 日吉塔、嘉応二年在銘五輪塔、承安二年在銘五輪塔）【特別史跡】臼杵市
- 横尾貝塚【史跡】大分市
- 岡城跡【史跡】竹田市
- 岡藩主中川家墓所【史跡】竹田市、豊後大野市
- 下山古墳【史跡】臼杵市
- 角牟礼城跡【史跡】玖珠郡玖珠町
- 葛原古墳【史跡】宇佐市
- 岩戸遺跡【史跡】豊後大野市
- 鬼ノ岩屋古墳・実相寺古墳群【史跡】別府市
- 鬼塚古墳【史跡】国東市
- 亀塚古墳【史跡】大分市
- 旧久留島氏庭園【名勝】
- 旧竹田荘 附 田能村竹田墓【史跡】竹田市
- 九重山のコケモモ群落【天然記念物】竹田市
- 熊野磨崖仏 附 元宮磨崖仏及び鍋山磨崖仏【史跡】豊後高田市
- 穴観音古墳【史跡】日田市
- 堅田郷八幡社のハナガガシ林【天然記念物】佐伯市
- 犬飼石仏【史跡】豊後大野市
- 古宮古墳【史跡】大分市
- 高崎山のサル生息地【天然記念物】大分市
- 高瀬石仏【史跡】大分市
- 三浦梅園旧宅【史跡】国東市
- 四日市横穴群【史跡】宇佐市
- 七ツ森古墳群【史跡】竹田市
- 狩生鍾乳洞【天然記念物】佐伯市
- 緒方宮迫西石仏【史跡】豊後大野市
- 緒方宮迫東石仏【史跡】豊後大野市
- 小迫辻原遺跡【史跡】日田市
- 小半鍾乳洞【天然記念物】佐伯市
- 小野川の阿蘇４火砕流堆積物及び埋没樹木群【天然記念物】日田市
- 松屋寺のソテツ【天然記念物】速見郡日出町
- 菅尾石仏【史跡】豊後大野市
- 千代丸古墳【史跡】大分市
- 川部・高森古墳群【史跡】宇佐市
- 大岩扇山【天然記念物】玖珠郡玖珠町
- 大杵社の大スギ【天然記念物】由布市
- 大船山のミヤマキリシマ群落【天然記念物】竹田市
- 大分元町石仏【史跡】大分市
- 大友氏遺跡【史跡】大分市
- 築山古墳【史跡】大分市
- 竹田の阿蘇火砕流堆積物【天然記念物】竹田市
- 長者屋敷官衙遺跡【史跡】中津市
- 尾崎小ミカン先祖木【天然記念物】津久見市
- 姫島の黒曜石産地【天然記念物】東国東郡姫島村
- 富貴寺境内【史跡】豊後高田市
- 風連洞窟【天然記念物】臼杵市
- 福沢諭吉旧居【史跡】中津市
- 別府の地獄【名勝】別府市
- 法恩寺山古墳群【史跡】日田市
- 法鏡寺廃寺跡【史跡】宇佐市
- 豊後国分寺跡【史跡】大分市
- 耶馬渓【名勝】日田市、宇佐市、中津市、玖珠郡
- 耶馬渓猿飛の甌穴群【天然記念物】中津市
- 咸宜園跡【史跡】日田市
- 廣瀬淡窓旧宅及び墓【史跡】日田市
- 柞原八幡宮のクス【天然記念物】大分市
（2017年12月時点 文化庁：国指定文化財等データベースでの確認 http://kunishitei.bunka.go.jp/bsys/index_pc.html）
全国の国指定史跡名勝天然記念物。
