- オオウナギ生息地【天然記念物】長崎市
- キイレツチトリモチ自生北限地【天然記念物】長崎市
- シーボルト宅跡【史跡】長崎市
- ホゲット石鍋製作遺跡【史跡】西海市
- 阿値賀島【天然記念物】平戸市
- 壱岐古墳群【史跡】壱岐市
- 温泉岳【特別名勝】雲仙市、島原市、南島原市
- 岩戸山樹叢【天然記念物】南高来郡加津佐町
- 吉利支丹墓碑【史跡】南島原市
- 旧円融寺庭園【名勝】大村市
- 旧金石城庭園【名勝】対馬市
- 旧島原藩薬園跡【史跡】島原市
- 曲崎古墳群【史跡】長崎市
- 金石城跡【史跡】対馬市
- 金田城跡【特別史跡】対馬市
- 原の辻遺跡【特別史跡】壱岐市
- 原山支石墓群【史跡】南島原市
- 原城跡【史跡】南島原市
- 原生沼沼野植物群落【天然記念物】雲仙市
- 御岳鳥類繁殖地【天然記念物】対馬市
- 御橋観音シダ植物群落【天然記念物】佐世保市
- 高島秋帆旧宅【史跡】長崎市
- 高島炭鉱跡（高島北渓井坑跡、中ノ島炭坑跡、端島炭坑跡）【史跡】長崎市
- 黒子島原始林【天然記念物】平戸市
- 根曽古墳群【史跡】対馬市
- 三井楽（みみらくのしま）【名勝】五島市
- 七釜鍾乳洞【天然記念物】西海市
- 洲藻白岳原始林【天然記念物】対馬市
- 出島和蘭商館跡【史跡】長崎市
- 女夫木の大スギ【天然記念物】諫早市
- 勝本城跡【史跡】壱岐市
- 小菅修船場跡【史跡】長崎市
- 小長井のオガタマノキ【天然記念物】諫早市
- 棲霞園及び梅ヶ谷津偕楽園【名勝】平戸市
- 清水山城跡【史跡】対馬市
- 石田城五島氏庭園【名勝】五島市
- 泉福寺洞窟【史跡】佐世保市
- 多良岳ツクシシャクナゲ群叢【天然記念物】諫早市
- 対馬藩主宗家墓所【史跡】対馬市
- 大浦天主堂境内【史跡】長崎市
- 大村のイチイガシ天然林【天然記念物】大村市
- 大村神社のオオムラザクラ【天然記念物】大村市
- 大村藩主大村家墓所【史跡】大村市
- 大野台支石墓群【史跡】北松浦郡鹿町町
- 鷹島神崎遺跡【史跡】松浦市
- 辰の島海浜植物群落【天然記念物】壱岐郡勝本町
- 男女群島【天然記念物】五島市
- 地獄地帯シロドウダン群落【天然記念物】雲仙市
- 池の原ミヤマキリシマ群落【天然記念物】雲仙市
- 長崎原爆遺跡【史跡】長崎市
- 長崎台場跡（魚見岳台場跡、四郎ヶ島台場跡）【史跡】長崎市
- 土黒川のオキチモズク発生地【天然記念物】雲仙市
- 塔の首遺跡【史跡】対馬市
- 奈留島権現山樹叢【天然記念物】五島市
- 奈良尾のアコウ【天然記念物】南松浦郡新上五島町
- 日野江城跡【史跡】南島原市
- 斑島玉石甌穴【天然記念物】北松浦郡小値賀町
- 肥前波佐見陶磁器窯跡【史跡】東彼杵郡波佐見町
- 普賢岳紅葉樹林【天然記念物】雲仙市
- 福井洞窟【史跡】佐世保市
- 平戸領地方八竒勝（平戸八景）（髙巌、潜龍水、石橋、大悲観、巌屋宮、福石山、潮之目）【名勝】佐世保市
- 平戸和蘭商館跡【史跡】平戸市
- 平戸礫岩の岩石地植物群落【天然記念物】平戸市
- 平成新山【天然記念物】島原市、雲仙市
- 野岳イヌツゲ群落【天然記念物】雲仙市
- 矢立山古墳群【史跡】対馬市
- 龍良山原始林【天然記念物】対馬市
- 鰐浦ヒトツバタゴ自生地【天然記念物】対馬市
- 諫早市城山暖地性樹叢【天然記念物】諫早市
（2017年12月時点 文化庁：国指定文化財等データベースでの確認 http://kunishitei.bunka.go.jp/bsys/index_pc.html）
全国の国指定史跡名勝天然記念物。
