- 安井息軒旧宅【史跡】宮崎郡清武町
- 瓜生野八幡のクスノキ群【天然記念物】宮崎市
- 下野八幡宮のイチョウ【天然記念物】西臼杵郡高千穂町
- 下野八幡宮のケヤキ【天然記念物】西臼杵郡高千穂町
- 関の尾の甌穴【天然記念物】都城市
- 宮崎神社のオオシラフジ【天然記念物】宮崎市
- 去川のイチョウ【天然記念物】宮崎市
- 虚空蔵島の亜熱帯林【天然記念物】日南市
- 狭野のスギ並木【天然記念物】西諸県郡高原町
- 狭野神社ブッポウソウ繁殖地【天然記念物】西諸県郡高原町
- 古江のキンモクセイ【天然記念物】延岡市
- 五箇瀬川峡谷（高千穂峡谷）【名勝】西臼杵郡高千穂町
- 幸嶋サル生息地【天然記念物】串間市
- 高岡の月知梅【天然記念物】宮崎市
- 高島のビロウ自生地【天然記念物】延岡市
- 高鍋のクス【天然記念物】児湯郡高鍋町
- 甑岳針葉樹林【天然記念物】えびの市
- 今町一里塚【史跡】都城市
- 佐土原城跡【史跡】宮崎市
- 妻のクス【天然記念物】西都市
- 持田古墳群【史跡】児湯郡高鍋町
- 七折鍾乳洞【天然記念物】西臼杵郡日之影町
- 宗麟原供養塔【史跡】児湯郡川南町
- 祝子川モウソウキンメイ竹林【天然記念物】延岡市
- 松本塚古墳【史跡】西都市
- 上穂北のクス【天然記念物】西都市
- 常心塚古墳【史跡】西都市
- 新田原古墳群【史跡】児湯郡新富町・西都市
- 清武の大クス【天然記念物】宮崎郡清武町
- 生目古墳群【史跡】宮崎市
- 西都原古墳群【特別史跡】西都市
- 青島の隆起海床と奇形波蝕痕【天然記念物】宮崎市
- 青島亜熱帯性植物群落【特別天然記念物】宮崎市
- 石波の海岸樹林【天然記念物】串間市
- 千畑古墳【史跡】西都市
- 川南古墳群【史跡】児湯郡川南町
- 川南湿原植物群落【天然記念物】児湯郡川南町
- 双石山【天然記念物】宮崎市
- 大久保の大ヒノキ【天然記念物】東臼杵郡椎葉村
- 大島畠田遺跡【史跡】都城市
- 竹野のホルトノキ【天然記念物】東諸県郡綾町
- 茶臼原古墳群【史跡】西都市
- 中ノ尾供養碑【史跡】日南市
- 猪崎鼻の堆積構造【天然記念物】日南市
- 柘の滝鍾乳洞【天然記念物】西臼杵郡高千穂町
- 田原のイチョウ【天然記念物】西臼杵郡高千穂町
- 都井岬ソテツ自生地【特別天然記念物】串間市
- 都於郡城跡【史跡】西都市
- 東郷のクス【天然記念物】日南市
- 湯ノ宮の座論梅【天然記念物】児湯郡新富町
- 内海のアコウ【天然記念物】宮崎市
- 内海のヤッコソウ発生地【特別天然記念物】宮崎市
- 南方古墳群【史跡】延岡市
- 日向国府跡【史跡】西都市
- 日向国分寺跡【史跡】西都市
- 八村スギ【天然記念物】東臼杵郡椎葉村
- 比叡山および矢筈岳【名勝】延岡市、西臼杵郡日之影町
- 尾鈴山瀑布群【名勝】児湯郡都農町
- 穆佐城跡【史跡】宮崎市
- 本庄古墳群【史跡】東諸県郡国富町
- 本野原遺跡【史跡】宮崎市
- 岬馬およびその繁殖地【天然記念物】串間市
- 妙国寺庭園【名勝】日向市
- 蓮ヶ池横穴群【史跡】宮崎市
（2017年12月時点 文化庁：国指定文化財等データベースでの確認 http://kunishitei.bunka.go.jp/bsys/index_pc.html）
全国の国指定史跡名勝天然記念物。
