- スイゼンジノリ発生地【天然記念物】熊本市
- チブサン・オブサン古墳【史跡】山鹿市
- 阿高・黒橋貝塚【史跡】下益城郡城南町
- 阿蘇北向谷原始林【天然記念物】菊池郡大津町
- 阿弥陀スギ【天然記念物】阿蘇郡小国町
- 井寺古墳【史跡】上益城郡嘉島町
- 宇土城跡【史跡】宇土市
- 永安寺東古墳・永安寺西古墳【史跡】玉名市
- 下の城のイチョウ【天然記念物】阿蘇郡小国町
- 下田のイチョウ【天然記念物】下益城郡城南町
- 釜尾古墳【史跡】熊本市
- 岩原古墳群【史跡】山鹿市
- 菊池川のチスジノリ発生地【天然記念物】山鹿市
- 鞠智城跡【史跡】菊池市、鹿本郡菊鹿町
- 旧熊本藩八代城主浜御茶屋（松浜軒）庭園【名勝】八代市
- 金比羅スギ【天然記念物】阿蘇郡南小国町
- 熊本城跡【特別史跡】熊本市
- 熊本藩主細川家墓所【史跡】熊本市
- 熊本藩川尻米蔵跡【史跡】熊本市
- 隈部氏館跡【史跡】山鹿市
- 堅志田城跡【史跡】下益城郡美里町
- 御領貝塚【史跡】下益城郡城南町
- 江田穴観音古墳【史跡】玉名郡和泉町
- 江田船山古墳 附 塚坊主古墳・虚空蔵塚古墳【史跡】玉名郡和泉町
- 佐敷城跡【史跡】葦北郡芦北町
- 志津川のオキチモズク発生地【天然記念物】阿蘇郡南小国町
- 小田良古墳【史跡】宇土郡三角町
- 人吉城跡【史跡】人吉市
- 水前寺成趣園【名勝】熊本市
- 西南戦争遺跡【史跡】熊本市、玉名郡玉東町
- 石貫ナギノ横穴群【史跡】玉名市
- 石貫穴観音横穴【史跡】玉名市
- 千巌山および高舞登山【名勝】上天草市
- 千金甲古墳（乙号）【史跡】熊本市
- 千金甲古墳（甲号）【史跡】熊本市
- 相良のアイラトビカズラ【特別天然記念物】山鹿市
- 大村横穴群【史跡】人吉市
- 大坊古墳【史跡】玉名市
- 大野下の大ソテツ【天然記念物】玉名市
- 大野窟古墳【史跡】八代郡氷川町
- 棚底城跡【史跡】天草市
- 池辺寺跡【史跡】熊本市
- 竹の熊の大ケヤキ【天然記念物】阿蘇郡南小国町
- 塚原古墳群【史跡】下益城郡城南町
- 田中城跡【史跡】玉名郡三加和町
- 藤崎台のクスノキ群【天然記念物】熊本市
- 鍋田横穴【史跡】山鹿市
- 二子山石器製作遺跡【史跡】合志市
- 八代城跡群（古麓城跡、麦島城跡、八代城跡）【史跡】八代市
- 肥後領内名勝地（五郎ガ瀧、聖リ瀧、走リ水ノ瀧、建神ノ岩、神ノ瀬ノ岩屋）【名勝】上益城郡山都町、八代市、八代郡氷川町、球磨郡球磨村
- 不知火及び水島【名勝】宇城市、八代市
- 富岡吉利支丹供養碑【史跡】天草郡苓北町
- 米塚及び草千里ヶ浜【名勝】阿蘇市、阿蘇郡南阿蘇村
- 弁慶ヶ穴古墳【史跡】山鹿市
- 方保田東原遺跡【史跡】山鹿市
- 豊後街道【史跡】阿蘇市、阿蘇郡産山村
- 豊前街道（南関御茶屋跡、腹切坂）【史跡】玉名郡南関町
- 麻生原のキンモクセイ【天然記念物】上益城郡甲佐町
- 妙見浦【名勝】天草市
- 野津古墳群【史跡】八代郡氷川町
- 立田山ヤエクチナシ自生地【天然記念物】熊本市
- 龍ヶ岳【名勝】上天草市
- 龍仙島（片島）【天然記念物】天草市
- 六郎次山【名勝】天草市
（2017年12月時点 文化庁：国指定文化財等データベースでの確認 http://kunishitei.bunka.go.jp/bsys/index_pc.html）
全国の国指定史跡名勝天然記念物。
