- オオサンショウウオ生息地【天然記念物】郡上市
- 一位森八幡神社社叢【天然記念物】高山市
- 一之瀬のホンシャクナゲ群落【天然記念物】大垣市
- 永保寺庭園【名勝】多治見市
- 越原ハナノキ自生地【天然記念物】加茂郡東白川村
- 乙塚古墳 附 段尻巻古墳【史跡】土岐市
- 加子母のスギ【天然記念物】中津川市
- 加納城跡【史跡】岐阜市
- 霞間ヶ渓（サクラ）【名勝、天然記念物】揖斐郡池田町
- 臥龍のサクラ【天然記念物】高山市
- 釜戸ハナノキ自生地【天然記念物】瑞浪市
- 粥川ウナギ生息地【天然記念物】郡上市
- 関ヶ原古戦場（附 徳川家康最初陣地、徳川家康最後陣地、石田三成陣地、岡山烽火場、大谷吉隆墓、東首塚、西首塚）【史跡】不破郡関ヶ原町
- 岐阜城跡【史跡】岐阜市
- 鬼岩【名勝、天然記念物】可児郡御嵩町、瑞浪市日吉町
- 久々利のサクライソウ自生地【天然記念物】可児市
- 久津八幡神社の夫婦スギ【天然記念物】下呂市
- 琴塚古墳【史跡】岐阜市
- 元屋敷陶器窯跡【史跡】土岐市
- 江馬氏城館跡（下館跡、高原諏訪城跡、土城跡、寺林城跡、政元城跡、洞城跡、石神城跡）【史跡】飛騨市
- 高山陣屋跡【史跡】高山市
- 根尾谷の菊花石【特別天然記念物】本巣市
- 根尾谷淡墨ザクラ【天然記念物】本巣市
- 根尾谷断層【特別天然記念物】本巣市
- 坂本のハナノキ自生地【天然記念物】中津川市
- 傘岩【天然記念物】恵那市
- 治郎兵衛のイチイ【天然記念物】高山市
- 洲原神社ブッポウソウ繁殖地【天然記念物】美濃市
- 神ノ御杖スギ【天然記念物】郡上市
- 神淵神社の大スギ【天然記念物】加茂郡七宗町
- 垂井一里塚【史跡】不破郡垂井町
- 垂洞のシダレモミ【天然記念物】中津川市
- 正家廃寺跡【史跡】恵那市
- 西高木家陣屋跡【史跡】大垣市
- 石徹白のスギ【特別天然記念物】郡上市
- 赤保木瓦窯跡【史跡】高山市
- 千光寺の五本スギ【天然記念物】高山市
- 禅昌寺の大スギ【天然記念物】下呂市
- 大山の大スギ【天然記念物】加茂郡白川町
- 竹原のシダレグリ自生地【天然記念物】下呂市
- 中将姫誓願ザクラ【天然記念物】岐阜市
- 昼飯大塚古墳【史跡】大垣市
- 長塚古墳【史跡】可児市
- 津屋川水系清水池ハリヨ生息地【天然記念物】海津市
- 東氏館跡庭園【名勝】郡上市
- 堂之上遺跡【史跡】高山市
- 白山神社のハナノキおよびヒトツバタゴ【天然記念物】土岐市
- 飛水峡の甌穴群【天然記念物】加茂郡七宗町
- 飛騨国分寺の大イチョウ【天然記念物】高山市
- 飛騨国分寺塔跡【史跡】高山市
- 美濃の壺石【天然記念物】土岐市
- 美濃金山城跡【史跡】可児市
- 美濃国府跡【史跡】不破郡垂井町
- 美濃国分寺跡【史跡】大垣市
- 苗木城跡【史跡】中津川市
- 富田ハナノキ自生地【天然記念物】恵那市
- 楓谷のヤマモミジ樹林【天然記念物】美濃市
- 福地の化石産地【天然記念物】高山市
- 野古墳群【史跡】揖斐郡大野町
- 弥勒寺官衙遺跡群（弥勒寺官衙遺跡、弥勒寺跡、丸山古窯跡、池尻大塚古墳）【史跡】関市、美濃市
- 油島千本松締切堤【史跡】海津市
- 揖斐二度ザクラ【天然記念物】揖斐郡大野町
- 老洞・朝倉須恵器窯跡【史跡】岐阜市
（2017年12月時点 文化庁：国指定文化財等データベースでの確認 http://kunishitei.bunka.go.jp/bsys/index_pc.html）
全国の国指定史跡名勝天然記念物。
